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Die Kokzidiose gehört zu den bedeutendsten parasitären Erkrankungen des Kaninchens, da sie praktisch in jeder Haltungs- und Nutzungsform vorkommt.
Kokzidien sind Einzeller, die in den Zellen der Darmschleimhaut (Darmkokzidiose) oder den Gallengängen (Leberkokzidiose) schmarotzen. Sie entwickeln sich in einem mehrphasigen, komplizierten Zyklus, an dessen Ende so genannte Oocysten mit dem Kot ausgeschieden werden. Diese reifen innerhalb von ein bis sechs Tagen in der Einstreu und werden dann als infektionstüchtige Stadien von den Tieren aufgenommen. Für Jungtiere stellt das verschmutzte Gesäuge der Häsin eine gefährliche Infektionsquelle dar.
Viele Kaninchen sind mit den Erregern der Darmkokzidiose latent infiziert, d.h. sie scheiden die Erreger in großen Mengen aus, ohne selbst zu erkranken. Kommt es jedoch zu einer Belastung der Tiere durch Infektionen, Transportstress oder Fütterungsfehler, bricht die Krankheit aus.
Bei geringem Befall verläuft die Erkrankung symptomlos. Sind aber ausgedehnte Darmschleimhautbezirke durch die Erreger entzündet, kann die Nahrung nicht mehr richtig verdaut und ausgenutzt werden. Die erkrankten Tiere verlieren an Gewicht und leiden unter schleimigen bis blutigen Durchfall. Ist die Darmflora geschädigt, können sich auch bakterielle Infektionen ausbreiten, die mit starker Gasbildung im Darm einhergehen. Jungtiere erkranken am schwersten. Unter ihnen kann die Sterblichkeitsrate bis 100% betragen.

Bei der Leberkokzidiose stehen eine ausgeprägte Entzündung der Gallengänge und eine Leberschwellung im Vordergrund. Damit verbunden ist eine schwere Störung des Allgemeinbefindens. Die Tiere magern ab, Durchfälle sind aber selten. Bei dieser Form der Kokzidiose sind ältere Tiere stärker betroffen als Jungtiere. Nach einem Krankheitsverlauf von mehreren Wochen, kann auch die Leberkokzidiose tödlich enden.
Durch mikroskopische Kotuntersuchung weist der Tierarzt die Erkrankung nach. Zur Therapie werden Sulfonamidpräperate eingesetzt. Der Infektionskreislauf muss durch gründliche Käfighygiene und Desinfektion unterbrochen werden. Die in der Heimtierhaltung übliche Einstreu muss täglich ausgewechselt werden. Eine gründliche Käfigdesinfektion mit kochendem Wasser tötet Oocysten zuverlässig ab.